9 жовтня 1701 року заснований Єльський коледж, який потім стане Єльським університетом. Засновниками коледжу стали десять служителів пуритан на чолі з Джеймсом П’єрпонтом.
Першим ректором Єльського коледжу став священик Абрахам Пірсон (Pierson), який здобув освіту в Гарварді і був сином пуританського служителя. Перші заняття студентів коледжу почалися в пасторській кімнаті Пірсона в Кілінгворсі штату Коннектикут. Його ректорат тривав з 1701 по 1707 роки.
У 1718 році коледж переїхав до Нью-Хевену і був названий на честь свого спонсора, глави Британської Ост-Індської компанії Еліу Єля. Спочатку школа була заснована для підготовки священиків і її програма навчання складалася з теології і вивчення давніх мов Письма. У 1716 році до Єльського коледжу в 13-річному віці вступив на навчання Джонатан Едвардс, майбутній лідер Першого Великого духовного пробудження в Америці.
Коледж мав християнські принципи у своєму фундаменті. Девіз університету звучав «Світло та Істина», а правила школи повідомляли: «Усвідомлюючи, що Бог є початком будь-якої мудрості, кожен студент, крім своєї особистої і таємної молитви, повинен бути присутнім вранці і ввечері на спільній молитві громади». Довгий час коледж зберігав свою пуританську ідентичність, даючи біблійну освіту багатьом своїм випускникам, серед яких були п’ять президентів США і безліч інших керівників держави.
Університет увійшов до вісімки найбільш престижних університетів Америки з «Ліги Плюща», і сьогодні є одним з кращих університетів світу, хоча його ідентичність сьогодні не така христоцентрична, як у минулому.
