24 лютого 1873 року на хвилі так званої «революції Мейдзі» в Японії були скасовані антихристиянські едикти, які діяли з кінця XVI ст.
Християнство почало проникати в Японію саме в XVI ст. і здобуло досить велике поширення в районі Нагасакі, особливо коли в 1562 році єзуїтські місіонери хрестили місцевого феодала Омура Сумітада. Протягом двадцяти років були засновані близько 200 церков, які налічували до 150 тисяч віруючих. Всього по Японії цифра християн до кінця століття досягла 300 тис. Щоправда, часто хрещення відбувалося не за добровільним переконанням, а через адміністративний примус згори.
Поширення зупинилося наприкінці XVI ст. при владі Таятомі Хідейосі, який розіп’яв багатьох християн в Нагасакі і заборонив християнство як загрозу національній єдності, закривши країну для іноземців і вигнавши місіонерів.
У другій половині XIX ст., під час правління нового імператора Муцухіто, Японія переживала процес прискореної модернізації, що було пов’язано з переглядом зовнішньої політики держави. Із закритої та ізольованої країни Японія перетворилася на країну, відкриту до впливу провідних християнських країн Європи і Америки. У цей час японці активно засвоювали наукові досягнення християнської цивілізації і відкрили країну для проповіді Євангелія.
З того часу християнські громади могли відкрито сповідувати свою віру, а християнські місіонери почати роботу серед японців. Ще більше можливостей відкрилося, коли християнство стало офіційно дозволене новоприйнятою Конституцією 1889 року.
Сьогодні в Японії діє більше 9 тис. християнських громад, які налічують понад 2,5 млн. віруючих.