1015 років тому, 18 жовтня 1009 року, фатимідський халіф Аль-Хакім бі-Амр Аллах наказав повністю знищити Храм Гробу Господнього Він був відомий ісламським радикалізмом і нетерпимістю до християн та євреїв, яким заборонив вільно сповідувати свою віру, розпочав переслідування та знищив багато релігійних пам'яток в Єрусалимі.
У 132 році нашої ери римський імператор Адріан практично стер усі ознаки присутності євреїв і християн у старому місті Єрусалиму. Голгофу і гріб Ісуса знищили, а на їх місці звели язичницький храм Венери. Місце колишнього гробу залишалося похованим під ним до правління Костянтина. У 326 році там побудували Храм Гробу Господнього, однак після ісламського завоювання у VII столітті вся палестинська територія була взяти під контроль мусульманами.
Аль-Хакім бі-Амр Аллах був шостим фатимідським правителем, який увійшов в історію з прізвиськами «Божевільний халіф» та «Нерон Єгипту». Він відзначився фанатичною нетерпимістю до всіх «невірних» і наказами знищити немусульманські храми та об’єкти по всій ісламській імперії. Аль-Хакім заборонив християнам проводити процесію Вербної неділі і будь-які публічні богослужіння. За його правління у Єрусалимі були знищені синагоги, сувої Тори, єврейські артефакти та особливо Храм Гробу Господнього.
Цей наказ виконав губернатор Рамли Ярух, який спалив храм та зруйнував його рештки до самого фундаменту. Європейська реакція була надзвичайно негативною. Новина про руйнування викликала шок і лють серед християнського світу. Папа Римський Сергій IV закликав до боротьби за повернення Святої землі, що сприяло зростанню ворожнечі між християнами та мусульманами і стало однією з передумов Хрестових походів.
Пізніше у 1020-х роках халіф Алі аз-Захір, син і наступник аль-Хакіма, досяг угоди з Візантійською імперією та церковними чиновниками, щоб дозволити відбудову церкви, проте релігійне загострення між християнами й мусульманами лише розросталося. Храм Гробу Господнього відбудували у ХІ столітті та особливо розбудували за часів Хрестових походів. Однак в період османського панування будівля залишалася досить занедбаною та пережила руйнівну пожежу на початку ХІХ століття.
У ХХ столітті в храмі були проведені численні реконструкції. Сучасна будівля мало чим нагадує про події 2-тисячолітньої давнини, але скоріше повторює архітектуру середньовіччя епохи Хрестових походів. Хоча це місце і сама будівля вчергове нагадує, що немає Ісуса в гробі, однак дискусії та протистояння довкола храму тривалий час були місцем конфронтації між мусульманами і християнами та місцем боротьби двох цивілізацій.
