Реформація на Британських островах відбувалася непросто. Багато труднощів виникало не лише через конфлікти з католиками, але й між різними протестантськими деномінаціями. Причини протистоянь сягали корінням різних способів поширення протестантизму та низці доктринальних розбіжностей.
Ще в 1534 році англійський король Генріх VIII підписав Акт про супрематію, яким Церква в Англії проголошувалася незалежною від Риму, а її очільником ставав чинний король. В основі такого відділення лежало зовсім не лютеранське прагнення повернути теологічні доктрини до першоапостольних норм, але перелюб короля і його особистий конфлікт з Папою римським, адже останній не дав дозвіл розлучитися невірному королю. Саме так і з’явилася Англіканська церква.
Паралельно в Шотландії досить швидко поширюється кальвінізм. Місцеві протестанти були дуже ревними у питаннях посвяти і збереження кальвіністських доктрин. Вони пережили репресії королеви Марії (яка за свою жорстокість була названа Кривавою) і були готові захищати свої принципи перед англійською короною.
Між цими двома протестантськими течіями було дуже багато розбіжностей, які стосувалися як теології, так і політичного бачення. Протестанти, що сповідували кальвіністську традицію, заперечували можливість світського монарха очолювати Церкву. Також молода Церква Шотландії за своєю структурою була пресвітеріанською. Це означало, що жодна людина не наділялася абсолютною владою чи статусом непогрішимої особи, чиї вказівки були б беззаперечними.
Але король Яків VI стверджував, що монарх має бути главою церкви, керуючи нею через призначення єпископів. Такої ж думки був і Карл І, який намагався об’єднати шотландську й англійську церкви. У 1636 році Шотландська книга дисципліни була замінена новою Книгою канонів, в результаті чого кожен, хто заперечував зверхність короля у церковних питаннях, підлягав відлученню від церкви. Це спричинило протести і повстання кальвіністів, які заперечували духовну зверхність короля над ними.
28 лютого 1638 року на засіданні в церкві Грейфріарс Кірк в Единбурзі шотландські кальвіністи заприсяглися за будь-яку ціну зберегти своє вчення і визнавати главою церкви тільки Ісуса Христа, а не англійського короля. Вони підписали Національний пакт як акт заперечення пропонованих англійською владою реформ Церкви.
Пакт містив положення, які зобов’язують підписантів спільно підтримувати національну релігію та протистояти будь-яким її змінам. Та разом з цим підписанти зобов’язувалися підтримувати владу короля, але тільки як світського правителя без поширення влади на церковні питання. Через кілька десятиліть шотландський спротив вплинув на значно ширший протестний рух проти свавілля монарха, який вилився у Англійську революцію та суттєве обмеження політичних повноважень короля.