23 травня 1618 року відбулася Друга Празька дефенестрація, коли місцеві протестанти висловили свій протест проти встановлення влади імператора Фердинанда Габсбурга, який симпатизував Контрреформації.
До сих пір Богемія користувалася досить широкою релігійною свободою і місцеві протестанти з дозволу короля Рудольфа мали можливість вільно проводити свої богослужіння, але позиція Габсбурга була іншою.
На той момент Контрреформація тривала вже понад півстоліття і протестанти багатьох країн могли бачити її плоди. Зокрема, у Великому Князівстві Литовському діяльність єзуїтів призвела до руйнування досягнень Варшавської конфедерації і привела до ігнорування закону про рівність християнських віросповідань, до погромів, спалення заборонених книг, повернення абсолютизму і т.д. Тому міщани Праги розуміли, що їх може чекати з встановленням влади Фердинанда Габсбурга. Посланці Фердинанда були викинуті з вікна в рів з гноєм.
Розпочавшись як протистояння протестантів і католиків, релігійні війни протягом тридцяти років охопили всю Європу. З боку протестантів боротьба велася проти домінування Габсбургів і за свободу віри. Доречі в цій боротьбі на боці протестантів була Франція, яка на своїй території переслідувала реформаційні рухи. Закінчилася війна в 1648 році підписанням Вестфальського миру, який дозволив кожній державі самій визначати ставлення до релігії.
