21 січня 1672 року конгрегація у Бедфорді визнала Джона Буньяна своїм пастором. У цей момент останній перебував за ґратами через проповідь «без ліцензії».
Джон Буньян запам’ятався історії як автор одного з найбільш популярних на той час твору – роману «Подорож Пілігрима». Цей алегоричний твір, який зображує життя християнина, окрім наявності у ньому змістовних та актуальних образів, написаний гарною англійською мовою. Він перекладений багатьма мовами: часто місіонери вважали за потрібне після донесення до місцевого населення Біблійного тексту познайомити їх з працею Буньяна. Навіть сьогодні вона не втрачає своєї популярності.
Сам же Джон Буньян походив з незаможної родини, його батько займався продажем металевих виробів. Отримавши невеличку домашню освіту, Джон пішов по батьковим слідам. За своє життя Буньян був двічі одружений. Цікаво, що невелике придане його першої дружини складалося з двох книг, які вплинули на життя Джона: «Шлях простої людини до раю» Артура Дента та «Практика благочестя» Льюїса Бейлі. Поступово почався шлях Джона Буньяна до віри у Бога, а за кілька років до 1654 року він зустрічається Джоном Гіффордом, служителем відкритої баптистської церкви в Бедфорді, який стає його наставником. Після цього Буньян стає активним та палким проповідником.
У цей час на політичній арені починається Реставрація Стюартів, повертається домінування англіканської церкви, і у листопаді 1660 року Джон Буньян потрапляє під арешт за проведення несанкціонованого зібрання. Він був засуджений в січні 1661 року, спочатку на три місяці, до позбавлення волі у в’язниці Бедфорда. Його постійна відмова запевнити владу, що він утримається від проповіді, якщо його звільнять, подовжує його тюремне ув’язнення до 1672 року. Під час ув’язнення йому іноді давалася можливість виходу з в’язниці, і церковні записи свідчать, що він брав участь у кількох зібраннях в Бедфордській церкві. У в’язниці він виготовляв взуттєві шнурки (для підтримки своєї сім’ї), проповідував ув’язненим, а також писав різні твори. Вважається, що з 1667 по 1672 роки він здебільшого займався написанням «Подорожі Пілігрима», яка потім буде опублікована у 1678 році.
Посвята, старанність і завзятість Буньяна як проповідника, євангеліста та пастора заслужили йому прізвисько «єпископа Буньяна». Хоча він часто проповідував у селах біля Бедфорда, а часом і в лондонських церквах, Буньян завжди відмовлявся переїхати з Бедфорда.
Після кінної поїздки під сильним дощем від Ридінга до Лондона його вдарила лихоманка і 31 серпня 1688 року він помер у будинку свого лондонського друга Джона Струдвіка. Він похований у Лондоні.