16 жовтня 1841 року королева Вікторія видала хартію про заснування пресвітеріанами Королівського університету в Кінгстоні в Канаді.
Заснування вищої школи стало виконанням багаторазових спроб пресвітеріанської церкви відкрити коледж для підготовки служителів, вивчення літератури і точних наук. За зразок нового навчального закладу були взяті шотландські університети в Единбурзі та Глазго.
Перші заняття в Коледжі Королеви Вікторії почалися вже через півроку після видання хартії в маленькому дерев’яному будинку з 13 студентами і двома професорами. Девізом нового навчального закладу стали слова з Книги пророка Ісаї 33:6 – «Sapientia et Doctrina Stabilitas», що означало «Мудрість і знання стануть стабільністю часів твоїх».
Фінансово коледж підтримували пресвітеріанська церква Шотландії, канадський уряд і приватні меценати. Однак після прийняття акту Канадської конфедерації в 1867 році коледж втратив значну частину свого фінансування і опинився на межі закриття. Ситуацію врятував пресвітеріанський священик Вільям Снодграс, який став шостим главою Королівського коледжу. Він зумів організувати широку кампанію зі збору коштів по всій Канаді і коледж був врятований. У ньому почала видаватися студентська газета «Queen’s Journal», була введена посада канцлера і створена університетська рада.
У травні 1881 року Коледж королеви Вікторії отримав статус університету. Завдяки пожертвам, які залишив колишній випускник коледжу Роберт Сазерленд Університет зумів спорудити теологічну залу, що стала головною будівлею університету. Королівський Університет став новатором, пропонуючи вищу освіту жінкам, заснувавши Медичний коледж в 1883 році. Ще однією інновацією стало введення студентського самоврядування.
У 1912 році Королівський університет був секуляризований і відлучений від Церкви Шотландії, яка зберегла за собою тільки Королівський теологічний коледж. У 1925 році він був інтегрований в Об’єднану церкву Канади, найбільшу протестантську деномінацію країни.
