13 вересня 1541 року на прохання місцевої влади Жан Кальвін повертається до Женеви. Це рішення магістрату стало поворотним в житті цього міста.
До цього, коли Кальвін вперше на прохання Гійома Фареля намагався служити в місті і вимагав загального покаяння перед причастям, його не зрозуміли і вигнали з міста. Однак пройшов недовгий час і влада Женеви зрозуміла свою помилку, так як городяни вели досить розбещене життя. Цивільний уряд міста цікавило, щоб громадяни вели благочестивий спосіб життя і в місті був спокій і порядок, які б поєднувалися з тією свободою робити добро, яку Господь дає кожній людині.
Оскільки Жан Кальвін ще 1536 році надрукував свої «Настанови в християнській вірі», «Женевське сповідання віри» і «Катехізис», які пояснювали багато аспектів християнського життя, то кращого духовного лідера було важко знайти. Завдяки Кальвіну через кілька років Женева стала реформованим містом.
Жан Кальвін розвинув доктрину Реформації, тому іноді говорять, що «Кальвін закінчив те, що почав Лютер» – він забезпечив майбутнє Реформації через створення цілісного біблійного вчення. Поширення набуло вчення Кальвіна про покликання людини, у якому реформатор закликав кожного віруючого відповідально, як для Бога, виконувати доручену роботу. У політичній сфері Кальвін вчив людей нести відповідальність за ту владу, яку вони обирають.
Живучи в Женеві Кальвін багато робив для своєї Батьківщини, Франції, приймаючи біженців і підготувавши безліч пасторів. Багато уваги реформатор приділяв і Польщі з Великим князівством Литовським. Присвячуючи окремі видання своїх біблійних коментарів Сигізмунду Августу і Миколі Радзивіллу Чорному, він сподівався розширити межі Реформації.
Служіння Кальвіна, якого часто називають «проповідником слави Божої», залишило великі плоди, а чудовий приклад реформованої Женеви надихав французьких гугенотів, голландських реформатів, шотландських пресвітеріан, англійських пуритан, північноамериканських колоністів будувати своє життя на біблійному фундаменті. Реформатор і його учні заклали основи для поширення конституційної демократії, ринкової економіки та сучасної науки.
