Осінь 1939 року для мешканців Західної України принесла великі потрясіння. Після вступу Радянського Союзу у війну над вірянам цих земель нависла велика загроза. З перших тижнів нова влада показала намір якнайшвидшої націоналізації церковного майна та перешкоджання нормального функціонування релігійних спільнот.
В центрі антирелігійної кампанії опинилася Греко-Католицька Церква. Більшість населення Галичини були вірянами саме цієї церкви, а сміливість духівництва брати участь в громадському житті була неприпустимою для більшовиків. Особлива роль в протистоянні між церквою та новою владою належала митрополиту Андрею Шептицькому, який і раніше неодноразово проявляв мудрість та рішучість в захисті віри та населення Галичини.
Антицерковні заходи радянської влади розпочалися відразу після окупації. Пропагандистська «червона» преса звинувачувала УГКЦ у співпраці з «польською буржуазією», а місцева адміністрація вже з вересня почала вживати репресивних заходів. Найперше, були зачинені десятки греко-католицьких видань і семінарія, заборонено будь-який вплив церкви на освіту. Після формальних виборів у жовтні, всі церковні будівлі переходили у власність держави, а священники обкладалися непосильними податками. Окрім комуністичної влади на права греко-католиків посягала і Російська православна церква, представники якої планували поглинути уніатів.
9 жовтня 1939 року Андрей Шептицький видає пастирського листа щодо нових умов, в яких доводилося жити вірянам. Того ж дня з дозволу Папи Римського митрополит призначив екзархів для різних регіонів Радянського Союзу. Він добре усвідомлював масштаби прийдешніх загроз і виступив проти утисків церкви та за збереження віри навіть в такий час. Шептицький наголосив і на необхідності виховання дітей в християнські традиції, бо саме система освіти найбільше зазнавала атеїзації.
Окрім звернень до вірян митрополит писав і листи до найвищого радянського керівництва (особисто Сталіну й Хрущову) щодо репресій і безчинств, які чинили комуністи. Проте злочини нової влади лише посилювалися, а репресії набирали обертів (за часів «перших совєтів» від рук НКВДистів загинув і брат митрополита Лев Шептицький та його дружина). Після Другої світової війни влада вирішила остаточно вирішити долю греко-католиків і організувала псевдособор для ліквідації церкви. В підпільному статусі УГКЦ перебувала аж до розпаду Радянського Союзу.
