1 травня 1893 року в Російській імперії розпочинається переслідування баптистів, яких називали «шкідливою сектою». Цього дня опубліковано рішення конференції православних священнослужителів, яке лягло в основу «Закону проти штундистів».
Переважна більшість баптистів у Російській імперії були нащадками чи послідовниками німецьких колоністів-менонітів, яким наприкінці XVIII століття Катерина ІІ дозволила селитися на півдні України. Менонітів називали штундистами (німецькою Stunde – година), як і всіх євангельських християн. В ХІХ столітті їх кількість суттєво зростає, а тому місцева влада та православні ієрархи вбачали в них загрозу. Приводом до розгортання державної боротьби з протестантами стало створення офіційного протестантського об’єднання — «Союзу християн, охрещених у вірі».
Зрощення РПЦ із державним апаратом дало можливість не лише світській владі контролювати церкву, але й православним ієрархам впливати на релігійну політику імперії. Власне переслідування баптистів і розпочалися після тривалого лобіювання Російською Православною Церквою, без якої репресивний закон не ухвалили б. Це був перший нормативний акт, присвячений безпосередньо російсько-українському баптизму, який накладав жорсткі обмеження на євангельських християн.
Найперше, протестантам заборонялося проводити богослужіння чи навчання у приватних будинках, в їх документах ставилася спеціальна позначка про приналежність до «секти штундистів». Це передбачало заборону для них працювати у православних роботодавців чи наймати православних на роботу. За викриття нелегальних богослужінь передбачалися великі грошові штрафи та висилки на Кавказ і далі на Схід.
Окрім цих заходів протестанти втрачали частину правосуб’єктності: шлюб реєструвала в Російській імперії тільки православна церква, а тому шлюби баптистів чи менонітів держава відмовилася визнавати. Таким чином, діти протестантів вважалися незаконно народженими.
РПЦ була особливо зацікавлена у «перевихованні» дітей протестантів. Для цього передбачалися досить жорсткі заходи: «Дітей штундистів варто вилучати у батьків і передавати під опіку тих родичів, що належать до православної церкви; якщо таких немає, то варто передавати місцевій духовній владі».
Виконання цих вказівок покладалося на поліцію, яка неодноразово розганяла збори вірян. При цьому євангельські християни звинувачувалися як в проведенні заборонених молитовних зібрань, так і в «публічному поширенні єресей». Поліцейські облави часто супроводжувалися участю місцевих православних радикалів, які нерідко влаштовували погроми. Треба відзначити, що беззаконня на місцевому рівні щодо євангельських віруючих зайшло так далеко, що навіть викликало кілька приписів генерал-губернатора Південно-Західного Краю Михайла Драгомирова, спрямованих на захист вірян від насильства.
Переслідування менонітів та інших протестантів призвело до масової міграції переважно до Сполучених Штатів Америки. Кілька десятків тисяч євангельських християн залишили Російську імперію, що не принесло їй ніякої вигоди, бо саме меноніти найкраще розвивали економіку мало заселеного Півдня України.
