9 червня 1591 року студентами Віленської єзуїтської академії був спалений Віленський кальвіністський собор. Собор на Святомихайлівському провулку навпроти костелу св. Анни був споруджений у 1581 році князем Миколою Радзівіллом Рудим. Це був великий будинок з окремою вежею-дзвіницею з годинником. До нього примикали протестантські госпіталь, школа і друкарня, в якій друкував Даніель Лянчицкі.
Спалення кальвіністського собору стало яскравим плодом контрреформації і діяльності єзуїтів, які прагнули зруйнувати ту віротерпимість, яка існувала досі у Великому Князівстві Литовському. Суд під впливом адміністратора Віленської католицької єпархії Бенедикта Войни, випускника Віленської академії, залишив винних без покарання. Наступний суд за це поклав на Войну штраф і покарання – позбавлення прав і вигнання, але вони не були виконані. Так, поступово верховенство права і віротерпимість витіснялися беззаконням і релігійним тиском, які були плодами контрреформації.
У 1611 році Віленський кальвіністський собор був зруйнований католиками. У той же час традиції Реформації зберігалися в Радзивіллівських Біржах, Кейданах і Слуцьку, що залишалися островами релігійної терпимості у Великому князівстві.
