28 травня 1599 року у Вільно було укладено Акт протестантсько-православної конфедерації

До столиці Великого Князівства Литовського з’їхалися представники знаті і городян протестантського та православного віросповідань і організували конфедерацію для спільного захисту своїх релігійних і політичних прав. Вони підтвердили право відстоювати свою віру, згідно з постановою Варшавської конфедерації 1573 р.

В постанові Віленського з’їзду перераховувалися порушення прав протестантів і православних з боку католицького духовенства і представників влади. Учасники з’їзду відзначили, що їх обмежують в правах, хоча права різних конфесій, відповідно до законів, були рівноправні.

Представники православної і євангельської церков висловили рішучість разом захищати свої права і разом з цим верховенство закону в державі. Віленська конфедерація своїм актом взяла під опіку і захист знать, духовенство і городян обох конфесій. Це була одна зі спроб повернути розвиток країни на шлях законності і громадянської свободи, які почали знищуватися через підступну діяльність прихильників контрреформації.

По суті Акт конфедерації 1599 року був спробою захистити свободи, оголошені Варшавською конфедерацією 1573 року і включені в Статут Великого Князівства Литовського 1588 р. Серед тих, хто підписали конфедерацію 1599 року, були впливові православні князі київські та волинські воєводи Олександри Острозькі, Федір Сангушко-Каширський, князі Саламярецькі, Горські і Пузини. Євангельські християни були представлені князями Христофором та Юрієм Радзивіллами, Христофором Зеновичем, Яном Абрамовичем, Андрієм Воляном; всього понад півтори сотні магнатів і шляхти Великого Князівства Литовського.

Наступним протестом став рокош Зембжедовського, але зупинити процес обмеження громадських і релігійних свобод не вдалося, не дивлячись на деякі тимчасові успіхи.