26 жовтня 1523 року розпочався Другий Цюріхський диспут, на якому протягом трьох днів обговорювалися питання про церковну владу, ікони, святих, чистилище і месу.
Ще під час Першого Цюріхського диспуту Ульріх Цвінглі виніс на загальне обговорення питання про спасіння вірою, про непотрібність посередників між Богом і людиною, про вторинну роль кліру і визнання меси тільки символом і нагадуванням про місію спасіння Ісуса. Цвінглі висловив протест проти постів, целібату, чернецтва, а також відкинув існування чистилища і необхідності індульгенцій. У своїй третій тезі Цьвінглі стверджував, що «Христос – єдиний шлях для спасіння всіх людей навіки», а наступна теза свідчила, що «той, хто показує інший шлях – той крадій, злодій і винищувач душ людських». Прагнучи до Божої істини, Цвінглі дуже гостро поставив питання щодо традицій, які існували в церкві і всіляко нею захищалися – «ми не задаємо питань про те, скільки часу щось існувало, але про те, чи є воно істиною». І вже той перший диспут закінчився резолюцією міської влади, що «Цвінглі повинен, як і раніше, проповідувати Святе Євангеліє», а всі інші священики і проповідники не повинні проповідувати те, правоту чого вони не могли довести словом Святого Письма.
Під час другого диспуту в жовтні 1523 року в центрі стояли наступні питання: чи шанування ікон відповідає Біблії і чи потрібна вважати месу жертвою? Цвінглі наполягав на тому, щоб золото і пишність церковного одягу були використані на допомогу тим, хто її потребує, вважаючи це більш біблійним. У результаті диспуту ікони і кістки святих були винесені з церков, а месу скасовано.
Цвінглі також реформував церковну владу, зробивши її більш демократичною: замість єпископа вона почала зосереджуватися в руках самої громади віруючих (конгрегації), яка обирала собі проповідника. Пізніше представники різних парафій збиралися на синод, який вирішував основні питання організації церкви.
Також Цвінглі засудив найманство – дуже поширену практику, коли швейцарці служили найманцями в імперській армії, вмирали на чужій землі і за чужі інтереси, не приносячи ніякої користі своєму народові.
Пошук біблійних шляхів реформування церкви, хоча і не був позбавлений помилок, але вів до очищення церкви від небіблійних практик і відроджував її для більш живого служіння і виконання своєї місії у суспільстві.
